Istotnym aspektem systemu Sprawiedliwego Handlu jest sprawiedliwa cena. Jak wszystkie inne kryteria, również koncepcja sprawiedliwej ceny jest wynikiem procesu dyskusji. Ma ona pokryć w całości koszty produkcji, łącznie z wydatkami socjalnymi i na ochronę środowiska naturalnego, umożliwić producentom godne życie i inwestycje na przyszłość. Zwykle organizacje importujące przyjmują kalkulacje zaproponowane przez producentów. W przypadku produktów podstawowych, jak kakao czy kawa, których cenę określają międzynarodowe giełdy towarowe, Sprawiedliwy Handel płaci cenę światową (która ma niewielki związek z kosztami produkcji) z określonym dodatkiem. Niezależnie od wahań cen na rynku jest uzgadniana cena minimalna.

Niektórzy ekonomiści twierdzą, że takie oddziaływanie na rynek jest niesprawiedliwe i prowadzi do zwiększania produkcji towarów, których podaż i tak jest zbyt duża. Koncepcja sprawiedliwej wymiany między Północą a Południem nie jest nowa. Ekonomista John Maynard Keynes już w latach 40-tych proponował, by słuszna cena handlowa nie zmierzała do jak najniższego poziomu, ale do poziomu, który umożliwi producentom godne warunki życia. W interesie wszystkich producentów jest, aby cena nie spadła poniżej tego poziomu, i jego zdaniem konsumenci nie mają prawa tego oczekiwać.

Włączenie do ceny produktu wydatków socjalnych i na ochronę środowiska naturalnego jest od dawna przedmiotem debaty organizacji międzynarodowych, jak ONZ czy Unia Europejska. Podatki ekologiczne mogłyby stanowić tu przełom. 50-letnie doświadczenie Sprawiedliwego Handlu ukazało, że bardzo mało producentów rozszerzyło produkcję dzięki uzyskaniu wyższych cen. Ze względu na ograniczoną wielkość parcel, które posiadają oraz brak kapitału jest to całkowicie wykluczone. Sprawiedliwe ceny dla producentów nie zawsze oznaczają wyższą cenę dla konsumentów – około połowa produktów sprzedawanych w ramach Sprawiedliwego Handlu ma wyższa cenę, niż cena rynkowa, druga połowa produktów jest tańsza. Bardzo wiele towarów może wyjątkowo dobrze konkurować na rynku komercyjnym. Jest to możliwe dzięki wyłączeniu pośredników z łańcucha dystrybucyjnego i nieocenionej pomocy wolontariuszy ruchu. Nie wszyscy konsumenci oczekują niższych cen – chcą raczej cen, które umożliwią producentom godne życie.

Na krytykę, że Sprawiedliwy Handel przez swoje wyższe ceny wyklucza biedniejszych konsumentów w Europie, można tylko powiedzieć, że ta krytyka nie powinna odnosić się do Sprawiedliwego Handlu, ale do czynników, z którymi Sprawiedliwy Handel stara się walczyć.